Le lac Nokoué jouit d’un climat tropical humide caractérisé par des températures élevées, un écart thermique plus grand que sous un climat typiquement équatorial, avec des précipitations annuelles moyennes. Le balancement du FIT (Front Intertropical) détermine la succession des quatre saisons :

 une grande saison pluvieuse de mi-avril à fin juillet et une petite saison pluvieuse de fin septembre à mi-novembre ;
 une grande saison sèche de mi-novembre à mi-avril et une petite saison sèche de fin juillet à fin septembre.

Cependant, les variations climatiques enregistrées ces dernières années ne permettent pas la distinction des limites réelles des différentes saisons. Les températures enregistrées sont élevées mais jamais excessives, les moyennes maximales observées sont de l’ordre de 32°C, les moyennes minimales descendent rarement en dessous de 25°C et se situent en décembre ou janvier, période où souffle l’harmattan. La moyenne pluviométrique annuelle est de 1206 mm et les valeurs moyennes de l’évapotranspiration potentielle (ETP) sont comprises entre 40 mm et 60 mm. En raison de l’influence marine, l’humidité relative est comprise entre 65 % et 25 % par an. L’insolation moyenne annuelle est supérieure à 230 heures. Les minima sont observés en période de saison pluvieuse successive tandis qu’on a les maxima en saison sèche (ASECNA, 2013).